L'aquariophilie eau douce amène la présentation d'aquarium qui tente de reproduire un biotope bien précis, d'imiter une zone de la nature. Pour se faire, il est évident que la connaissance préalable de l'organisation biologique de milieu naturel doit être connu, voir maîtrisé dans ses plus petits recoins pour parvenir à un résultat honnête.

L'aquariophilie eau douce amène la présentation d'aquarium qui tente de reproduire un biotope bien précis, d'imiter une zone de la nature. Pour se faire, il est évident que la connaissance préalable de l'organisation biologique de milieu naturel doit être connu, voir maîtrisé dans ses plus petits recoins pour parvenir à un résultat honnête.

L'aquarium est un écosystème complet à lui seul mais qui présente l'énorme inconvénient d'être un écosystème captif, un mésocosme fermé : il vit coupé du monde, dans une sorte d'autarcie qui n'exporte rien si on ne fait rien! Ainsi, on importe bien des plantes, des poissons, et d'autres éléments de décor ou d'autres organismes. La copie d'un milieu tel qu'il existe dans son aire originelle s'appelle l'aquascaping. On importe aussi de la nourriture pour alimenter les poissons, des engrais pour nourrir les plantes, mais qu'exportons-nous?  Le principe de concentration va s'appliquer de plein droit, et quasiment mathématiquement. Tout import non exporté restera à l'intérieur de l'aquarium, sous une forme quelconque ou même définie et connue.

Ainsi, les imports comportent essentiellement des produits contenant du carbone, de l'azote sous forme organique selon le cycle de l'azote, passant de l'ammoniac à l'ammoniaque, puis en nitrite et finalement nitrate, mais encore du phosphore qui donnera du phosphate. Ces éléments peuvent être en partie recyclés, mais pas totalement malgré les systèmes d'épuration de l'eau les plus performants. A un moment donné, l'aquarium stocke ces éléments et ils deviennent nocifs (chacun à sa manière) dans des domaines quelques fois communs, mais également parfois distincts.

La reproduction d'un biotope naturel aquatique conduit le plus fréquemment à reproduire les conditions de vie, cela passe évidemment par reconduire des conditions chimiques et physiques de l'eau. On peut facilement gérer la température, le pH ou la dureté GH avec de l'eau osmosée ou d'autres moyens, mais il sera toujours obligatoire d'exporter certaines choses organiques : nitrates et  phosphates sont les principaux ennemis de l'aquariophilie.